Le Sultan Mehmet V a nommé Hasan Mazar bey pour diriger cette commission d’enquête, qui a aussi pour but de juger, arrêter et emprisonner les suspects.

Elle va aussi préciser le rôle de l’Organisation Spéciale, véritable cheville ouvrière du crime et trois tribunaux de guerre vont juger les principaux responsables en décembre.

Les documents utilisés pour trouver les preuves étaient des télégrammes chiffrés, des documents officiels ainsi que des témoignages oculaires.

Les provinces de l’Empire ottoman furent divisées en 10 régions et pour chacune d’elles furent désignés des procureurs, des juges d’instruction, des juges et des secrétaires de tribunal.

Dès le 8 janvier 1919, trois Cours Martiales furent formées à Constantinople. Plusieurs procès eurent lieu du 5 juillet 1919 au 27 juillet 1920 : les procès des membres du comité central du parti Union et Progrès, des ministres et d’autres responsables centraux et régionaux du parti, puis les procès des déportations et massacres dans le sandjak de Yozgat, dans le vilayet de Trébizonde, dans le faubourg de Buyuk Dere, dans le vilayet de Kharpout enfin à Ourfa et Erzinçan.

La Cour Martiale turque limita à trois, les exécutions capitales. La plupart des autres peines capitales furent prononcées par contumace car les principaux responsables se sont enfuis, certains en Allemagne.

Furent condamnés à la mort Talaat pacha, Enver pacha, Cemal pacha et Dr. Nazim, sur la base du 1er paragraphe de l’article 45 du code pénal turc et sur la base du paragraphe 2 du même article et l’article 55, furent condamnés à l’exil pour 15 années, Cavid, Mustafa Cheref et Moussa Kiazim.

Parmi les trois personnes exécutées, l'un était chef de gendarmerie locale : Abdullah Avni, et deux étaient gouverneurs de province : Mehmet Kemal Bey et Behramzade Nusret Bey ; En dépit des crimes commis, ces deux derniers furent réhabilités par le pouvoir kémaliste car déclarés« martyrs nationaux ». Pour insuffisance de preuves sont acquittés Rifaat bey et Hachim. Les exilés à l’île de Malte furent ignorés.

Taner AKCAM constate dans son livre, l’échec des tribunaux car chacune des puissances alliées n’ayant d’yeux que pour ses gains impériaux personnels et les différends qui les opposaient étant trop profonds pour permettre une réconciliation, la détermination à poursuivre les responsables du génocide des Arméniens s’amenuise.

Certes, peu de ministres unionistes se retrouvent ministres de la République. Les plus connus ont été exécutés par des justiciers arméniens lors de l’opération Némesis en 1920-1922 et d’autres ont été pendus par Kémal en 1926 pour conspiration contre sa personne. Par contre, les responsables administratifs de l’Etat ottoman au temps du génocide et les cadres de l’ancien parti Union et Progrès accèdent au rang de ministres ou de députés de la République. Ainsi, le préfet de Bitlis puis d’Alep, Mustafa Abdülalhik -beau-frère de Talaat et bourreau de Mouch- se retrouve Ministre des Finances, Ministre de la Défense, et enfin Président de la Grande Assemblée Nationale. D’autres préfets de province deviennent députés de la République représentant le parti unique de Mustafa Kemal dans les mêmes circonscriptions. Les responsables de l’ancien Parti Union et Progrès dans les Provinces dont on connaît le rôle spécial dans la supervision de la déportation refont surface. On retrouve même un secrétaire responsable de province du Comité Union et Progrès, Mahmut Celal Bayar, Président de la République de 1950 à 1960. Les rouages de la machine génocidaire mis en place ne sont pas en reste ; Par exemple, Sukru Kaya qui fut le Directeur Général de la Déportation se retrouve secrétaire général du Parti Républicain du Peuple de Mustafa Kemal, puis, pendant dix ans, son Ministre de l’Intérieur. Membre du Conseil Supérieur de Santé, chargé d’une mission de destruction des cadavres, le Dr Tevfik Rustu Aras, est promu ministre des Affaires Etrangères de 1925 à 1938.